רבי יצחק אבוהב שעל שמו נקרא בית הכנסת – לא רק שלא היה בצפת, אלא קרוב לוודאי שמעולם לא שמע עליה. הוא חי עוד בטרם יצא שמה של צפת למרחוק, בתקופת "תור הזהב" של העיר במאה ה – 16. רבי יצחק אבוהב, שהיה מגדולי חכמי ספרד מן המאה ה – 14, כתב את הספר "מנורת המאור" שהתקבל בקהילות רבות, הודפס במהדורות רבות ואף תורגם לכמה שפות. בנוסף כתב רבי יצחק אבוהב ספר תורה מיוחד בקדושה ובטהרה יתרה.
כאשר גורשו היהודים מספרד בשנת 1492, היה ברור לחלקם שאת ספר התורה הקדוש שכתב רבי יצחק אבוהב לא ניתן להשאיר מאחור.
קבוצה של מגורשים נשאה את ספר התורה כל הדרך אל צפת, וכאשר הגיעה, מצאה את בית הכנסת הידוע היום כבית הכנסת אבוהב, כמתאים ביותר לשכן בו את הספר המיוחד והקדוש. מלבד יופיו הבולט של בית הכנסת ניתן להבחין מיד בכניסה כי יש בו כמה מאפיינים יחודיים. הבולט שבהם היא העובדה שישנם בבית הכנסת שלושה ארונות קודש. בארון הימני שוכן ספר התורה של רבי יצחק אבוהב ולצידו נמצא ספר התורה של חכם סולימן אוחנה שהיה מתלמידיו של האר"י. את הספרים מוציאים שלוש פעמים בשנה, בשבועות, ראש השנה ויום הכיפורים. הארון המרכזי בבית הכנסת הוא הארון שנמצא בשימוש יום יומי ומשמאלו נמצא הארון בו מאוכסנים הספרים הפסולים שאינם בשימוש
