בית הכנסת רבי יוסף קארו השוכן בלב העיר העתיקה, הוא מוסד תורני בעל חשיבות עצומה בהיסטוריה היהודית ומהווה עדות מפוארת לתור הזהב של צפת . רבי יוסף קארו עלה לארץ ב 1536 מבולגריה מעיירה בשם ניקופול, והתיישב בצפת ולמד בישיבתו של יעקוב בירב והיה מ 4 התלמידים הראשונים עם חזרת ההסמכה. רבי יוסף קארו קבע את מקומו בבית הכנסת בית כנסת זה, שנוסד במאה ה-16 ונקרא על שמו של רבי יוסף קארו, מחבר "שולחן ערוך", ספר ההלכה היהודי, ואחד מגדולי פוסקי ההלכה בכל הדורות. בית הכנסת שימש כבית מדרש, בו למדו גדולי תורה כמו רבי משה קורדובירו והאר"י הקדוש, ובו נכתבו חיבורים הלכתיים וקבליים משמעותיים. ייחודו של בית הכנסת טמון בחיבור העמוק בין הלכה לקבלה. על פי המסורת, רבי יוסף קארו זכה לגילוי מגיד שמימי, שסייע לו בכתיבת ה- "שולחן ערוך". בשנת 1759 ברעש אדמה נחרב בית הכנסת הקדוש הוא שוקם בקומת הקרקע, וברעש האדמה ב 1837 נחרב גם הוא, קשר זה בין ההלכה הגלויה לנסתרות התורה, מעניק לבית הכנסת אווירה מיוחדת של קדושה ורוחניות.